La Agencia de los Estados Unidos para el Desarrollo Internacional (USAID) actuó como contraparte técnica y administrativa de los recursos, y ejecutó el Programa en coordinación con el Gobierno de Paraguay. Para su ejecución, el Programa se dividió en dos (2) ejes estratégicos: «Formalización de las Actividades Económicas», y «Lucha contra la Corrupción y la Impunidad». Este último Eje se encuentra integrado a su vez por cinco (5) componentes, dentro de los cuales, los tres poderes del Estado y las instituciones públicas seleccionadas por la importancia de la función social y económica que desarrollan dentro del Estado, fueron los beneficiarios de la asistencia de Cooperación Internacional citada anteriormente.

De estos cinco (5) Componentes, el Componente 3 del Programa, «Fortalecer los sistemas de Control y la participación de la Sociedad Civil en las Actividades de Vigilancia de la Contraloría General de la República», en articulación con los demás Componentes, focalizó su esfuerzo, en primer lugar en apoyar al Gobierno del Paraguay en la construcción de una base sólida en materia ética, que genere una cultura organizacional fundamentada en principios y valores institucionales, mantenga el respeto por lo público y la prevalencia del interés general sobre el interés particular.

Paralelamente, apoyó la generación de una gestión eficiente y eficaz a través de la implementación de sistemas de Gestión de la Calidad y marcos de Control Interno efectivos, enfocados en garantizar el cumplimiento de los objetivos institucionales de los Organismos y Entidades Públicas, a fin de lograr una mayor satisfacción del ciudadano con el suministro de bienes y servicios por parte del Estado. En materia de Control, entre otros, el Programa apoyó la construcción de un Modelo Estándar de Control Interno para Instituciones del Estado, que garantice una estructura de control uniforme a todas la  instituciones públicas, genere un lenguaje común y promueva el Autocontrol, como un fundamento esencial en la mejora de la capacidad institucional de los Organismos y Entidades del Estado.

Lo anterior, unido a potenciar la capacidad de Control Posterior que ejercen los organismos de Auditoría Interna Institucional, del Control Externo ejercido por el Órgano de Control del Estado a saber, la Contraloría General de la República, y del Control Ciudadano, a cargo de la ciudadanía, de tal manera que se evalúe de manera independiente y objetiva la gestión, los controles, resultados y los impactos de la función pública con el propósito de buscar siempre la satisfacción de la ciudadanía, con los bienes y servicios que le suministra el Estado.

Para lograr estos objetivos, el Programa Umbral propuso en lo que al Control Interno se refiere:

• Desarrollar conjuntamente con la Auditoría General del Poder Ejecutivo, con los equipos de Auditoría Interna de las Instituciones beneficiarias del Programa en el Componente 3 y con la Contraloría General de la República, igualmente Entidad beneficiaria, un Marco único de Control Interno, basado en modelos de Control Interno reconocidos internacionalmente, orientado a estandarizar una sola estructura de Control en todos los organismos e Instituciones del Estado, generando un lenguaje común, promoviendo el Autocontrol, la Autoevaluación Institucional, todo focalizado en mejorar el cumplimiento de los objetivos de los organismos y Instituciones del Estado.
  
  
• Promover el desarrollo de un Sistema de Control Interno en cada institución pública, utilizando como base el Modelo Estándar de Control Interno para organismos y entidades del Estado, garantizando con ello una herramienta de gestión efectiva para el logro de los objetivos de las instituciones públicas.
  
  
• Hacer del Mejoramiento Continuo un instrumento esencial en la búsqueda de la excelencia administrativa, el cual estará soportado en Planes de Mejoramiento que contienen las acciones de mejora, definidos por la Máxima Autoridad y las autoridades administrativas de cada institución, como resultado de sus procesos de evaluación a la gestión, del control posterior que ejerce la Auditoría Interna Institucional, de las recomendaciones provenientes de la Contraloría General de la República y, finalmente, del Control Ciudadano.
  
  
• Desarrollar en los equipos de auditores que trabajaron en la construcción del Modelo Estándar, habilidades y capacidades en materia de Control Interno que les permitan actuar como capacitadores en sus Instituciones, evaluar la implementación del Control Interno y ejercer con mayor suficiencia su función de Auditoría Interna.
  
  

Dicho proceso ha posibilitado la consolidación de esta Propuesta de Modelo único de Control Interno para organismos e Instituciones del Estado, gracias a la participación activa de las Instituciones beneficiarias que aceptaron trabajar en su construcción y quienes, adicionalmente, con base en este Marco de Control han iniciado procesos efectivos para fortalecer la integridad, la eficiencia, sus sistemas de Control previo y la transparencia, al tiempo que deja una inversión inestimable en recurso humano especializado en buenas prácticas de Administración Pública, de apoyo a la búsqueda de la excelencia administrativa, en la cual se encuentra comprometido hoy en día el Estado Paraguayo.

El Modelo se ha formulado tomando como base la Constitución Nacional y la citada Ley, con el propósito de que las instituciones y organismos del Estado puedan mejorar su desempeño institucional, mediante el fortalecimiento de los controles previos a cargo de las autoridades administrativas; igualmente para fortalecer el Control Posterior a cargo de la Auditoría Interna Institucional y de la Auditoría General del Poder Ejecutivo esperando unificar criterios y lineamientos de evaluación, control, auditoría y mejoramiento continuo.

El Modelo Estándar de Control Interno para las Instituciones y organismos del Estado establece una Estructura de Control permanente de la institución; los principios, fundamentos y conceptos básicos que la sustentan como una herramienta de apoyo a su gestión. Presenta las siguientes características:

• Promueve la generación de un entorno ético alrededor de la función administrativa de la institución pública.
• Establece una estructura estándar de Control Interno que unifica los criterios de control en el Estado, garantiza un control integral a la gestión de las Instituciones públicas, promueve el mejoramiento continuo y permite potenciar el cumplimiento de sus objetivos.
• Tiene un enfoque sistémico, en el cual cada una de las partes que lo conforman poseen unas características singulares y necesarias para su funcionamiento. Dichas partes se denominan Componentes Corporativos de Control, Componentes de Control y Estándares de Control, propiamente dichos.
• Cada uno de los componentes y estándares de Control del Modelo, en su interacción e interrelación efectiva, garantizan el aseguramiento al Planear, Hacer, Verificar y Actuar de la institución pública, para el logro de una función administrativa íntegra, eficiente, transparente y oportuna.
• Mantiene una orientación permanente sobre el control de los riesgos que pueden inhibir el logro de los propósitos de los organismos e Instituciones del Estado.
• Orienta la Administración de la institución hacia una Gestión por Procesos, que se espera consolidar en sistemas de Gestión de la Calidad.
• Establece la Comunicación como un proceso de control de la transparencia y la divulgación de información a los diferentes grupos de interés del sector público.
• Le otorga un valor preponderante a la evaluación, ya sea esta de orden administrativo, se realice por los directivos responsables de cada dependencia, por la Auditoría Interna o por la Contraloría General de la República.
• Confiere gran impacto a los Planes de Mejoramiento, como mecanismo que consolida las recomendaciones para la mejora del hacer institucional. Genera una cultura de mejora continua y garantiza la proyección de la institución pública hacia la excelencia administrativa.

El Modelo Estándar de Control Interno para las Instituciones del Estado así definido, se ha desarrollado en dos partes a saber:

• El Marco Conceptual, propone en primer lugar los conceptos básicos que dan origen y soportan conceptual y metodológicamente el Modelo Estándar de Control Interno para organismos y entidades del Estado. En segundo lugar, plantea la estructura de Control definida para el Modelo Estándar de Control Interno, y la conceptualización que fundamenta y relaciona cada una de las partes que la componen. En tercer lugar, establece el rol y la responsabilidad que tiene cada autoridad en el Estado Paraguayo, frente al Control Interno, con alcance en las instancias de Control, definidas de conformidad con la Ley 1.535/1999 y sus reglamentos.
• Un Manual de Implementación, el cual brinda las metodologías, procedimientos e instrumentos necesarios para la aplicación del Modelo Estándar, presentando las herramientas básicas para la ejecución del Control Interno, y hacer de él una herramienta de Autocontrol permanente de la institución pública, a fin de garantizar el cumplimiento de sus objetivos institucionales y sociales.

La Auditoría Interna de cada institución, tomando como base los reglamentos expedidos por los órganos del Estado competentes para ello, deberá evaluar de manera periódica, independiente y objetiva, el grado de avance en su implementación, verificando de manera permanente la eficiencia de los controles y su posibilidad de mejora continua.
A su vez, la Contraloría General de la República, conforme a la Resolución 425 de 2008, evaluará el Control Interno de las entidades fiscalizadas, tomando en cuenta la existencia de los estándares propuestos en el Modelo Estándar de Control Interno, por considerar que constituyen los elementos mínimos necesarios para controlar la integridad, la eficiencia, eficacia y transparencia de la gestión administrativa, económica, financiera y social en los organismos y entidades del Estado.